Pendant la phase initiale, de juin à décembre 2007, deux TGV vont relier quotidiennement Zürich à Paris. La fréquence sera la même entre Basel et Paris. Dès décembre 2007, la société Lyria, contrôlée par la SNCF et les CFF, desservira trois fois par jour le parcours Zürich - Basel - Strasbourg - Paris.
jusqu'en 2007 la station Olympiades est un atelier de maintenance utilisé pour entretenir les trains. Des travaux sont effectués pour déplacer et construire un nouvel atelier en prolongeant le tunnel au-delà de la station Olympiades. Celle-ci est ensuite réaménagée pour accueillir les voyageurs.
La ligne de Tram 1 est mise en service le 30 juin 2007. La branche La Blancarde Noailles nétant pas encore achevée, l'exploitation du réseau marseillais se fait de bout en bout.
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